Дух в оболонці: Початок — Межа 1: Фантомний біль

Дія розгортається у 2027 році, через рік після завершення четвертої неядерної війни. Нове Портове Місто все ще оговтується від наслідків війни, коли зазнає вибуху, спричиненого самохідною міною. Згодом, військовослужбовця, причетного до хабарів у торгівлі зброєю, застрелюють. Під час розслідування, Дайсуке Арамакі з Відділу громадської безпеки зустрічає Мотоко Кусанагі, кіборга, хакера геніального рівня, призначеного до 501-го Секретного підрозділу військових. Батоу, чоловік з "очима, що не сплять", підозрює, що Кусанагі стоїть за вибухом. Детектив поліції префектури Нііхама Тогуса розслідує дві справи одночасно: вбивство при застреленні та вбивство повії. Сама Мотоко перебуває під наглядом Куруцу, керівника 501-го Секретного підрозділу, та кібер-агентів.